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iTRAQ是一級質譜定性，二級質譜定量，實際操作中，一級質譜中m/z相近的一些母離子，而不是嚴格的同一m/z的母離子，被篩選進入質量分析器2進行二級質譜鑒定，定量的肽段與定性的肽段不是一一對應的關系，故造成iTRAQ定量誤差大。然而，SILAC是一級質譜定量，二級質譜定性，定量的肽段就是對應的定性的肽段，定量更加精確。

兩者都可用于差異較大的樣本（不同物種、不同組織部位），“有無”蛋白比較，不需要同位素標記，成本相對低；樣本不受限制，應用范圍廣。 label free確定是數(shù)據(jù)重復性稍差，缺失值較多。DIA非標定量蛋白質組學的重現(xiàn)性較高，所有離子信息都能采集，缺點是需要預先建立數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)分析較LFQ復雜。