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蛋白凝膠可以長期保存而不影響質譜鑒定效果，一般而言，如果在一兩個星期以內，最好用保鮮膜包好，放到4度冰箱保存，如果保存時間超過一個月，可以把蛋白點取下后放入-20度或者-80度冰箱，不會影響后續(xù)質譜鑒定?效果。運送膠點的時候采用常溫運送即可，三五天內都不會有太大的影響。

取點的時候將0.2ml的槍頭前端剪去一點，用槍頭將凝膠戳取下來并轉移至0.5ml離心管中，用水將膠粒反復吸打沖洗兩至三次，最后吸干離心管中所有水分封蓋保存并做好標記。離心管最好用進口離心管，以免塑料污染；水最好用去離子水或者雙蒸水；取點的時候帶好口罩與手套，以免角蛋白污染。

iTRAQ是一級質譜定性，二級質譜定量，實際操作中，一級質譜中m/z相近的一些母離子，而不是嚴格的同一m/z的母離子，被篩選進入質量分析器2進行二級質譜鑒定，定量的肽段與定性的肽段不是一一對應的關系，故造成iTRAQ定量誤差大。然而，SILAC是一級質譜定量，二級質譜定性，定量的肽段就是對應的定性的肽段，定量更加精確。